湄洲湾航道三期工程（Ⅰ阶段）是在二期工程新建5万吨级湄洲湾分道航道6.6千米、调整扩建肖厝航道2.0千米、扩建7万吨级莆头航道4.9千米、新建莆头北作业区1万吨级航道2.9千米、新建石门澳东航道和西航道共8.8千米以及林齿礁炸清除和锚地、会船区工程。本工程包括疏浚、炸礁及航标工程，其中疏浚量为8375.39万立方米，炸礁工程量为89.93万立方米。本工程疏浚弃土、炸礁弃渣拟全部用于回填。工程投资202215.24万元，总工期计划39个月。

         湄洲湾航道三期工程(Ⅱ阶段)主要工程建设内容为：30万吨级主航道扩建工程实施地点自湄洲湾口剑屿外大岞附近海域至湄洲湾内罗屿附近海域，航道全长约52.1千米。本工程航道疏浚量为1825.9万立方米，炸礁工程量为93.1万立方米。疏浚物拟运至罗屿、莆头、石门澳和肖厝回填区。工程投资89956.07万元，总工期计划33个月。

         受福建省湄洲湾港口管理局委托对“湄洲湾航道三期工程（Ⅰ、Ⅱ阶段）”进行施工期跟踪监测，监测时间为2015年7月至2019年4月，对该项目进行海水、沉积物、水文、生物体质量、厂界粉尘、噪声监测。